Rétt rekstur og viðhald eru nauðsynleg til að tryggja stöðugan árangur og stöðugt kögglagæði þegar frækögglavél er notuð. Fyrir vinnslu ætti að þrífa fræ og skima til að fjarlægja óhreinindi sem geta haft áhrif á einsleitni húðunar eða truflað notkun vélarinnar. Stilla skal færibreytur vélarinnar eins og snúningshraða, vökvanotkunarhraða og dufthlutfall í samræmi við tegund fræs til að koma í veg fyrir ójafna köggla eða klumpingu.
Við notkun er mikilvægt að fylgjast með frammistöðu vökvaúðunar- og duftfóðrunarkerfa til að viðhalda stöðugu efnisframboði. Of mikill vökvi getur valdið því að fræ festist saman á meðan ófullnægjandi notkun getur dregið úr viðloðun lagsins. Að viðhalda jafnvægi ferli er mikilvægt til að ná sem bestum árangri.
Venjulegt viðhald ætti að fela í sér reglubundna hreinsun á afgangsefnum inni í vélinni til að koma í veg fyrir uppsöfnun sem gæti haft áhrif á framtíðarframleiðslu. Skoða skal lykilhluta eins og stúta, tunnur eða diska með tilliti til slits og skipta um eða viðhalda eftir þörfum til að lengja endingu búnaðarins og draga úr hættu á bilun.
Rekstraraðilar ættu að vera rétt þjálfaðir til að skilja uppbyggingu vélarinnar og eftirlitskerfi, sem lágmarkar villur við notkun. Fyrir kaupendur getur val á búnaði frá birgjum sem bjóða upp á áreiðanlega tækniaðstoð og þjónustu eftir-sölu veitt frekari tryggingu fyrir langtíma-rekstur.
